新课题默认选 SPM 25.01.02；正在投稿、复现历史结果，或深度依赖旧脚本与第三方工具箱的项目，先保留 SPM12。迁移期间不要覆盖原环境，而应隔离安装两套版本，用同一份脱敏数据和代表性批处理做双轨回归。
这篇文章适合三类人：首次搭建 fMRI、PET、EEG 或 MEG 分析环境的研究生；正在用 SPM12 完成论文或复现实验的科研人员；以及负责 Apple Silicon Mac、MATLAB 授权和课题组环境交付的技术人员。
新建神经影像项目通常应从 SPM 25.01.02 开始，而正在投稿、复现历史结果或依赖旧脚本的项目应先保留 SPM12。本文按新项目、在研论文、脚本开发者、无 MATLAB 用户与课题组管理员分别给出版本判断、验证证据、回退条件和双轨部署方法。
新建神经影像项目通常应从 SPM 25.01.02 开始，而正在投稿、复现历史结果或依赖旧脚本的项目应先保留 SPM12。本文按新项目、在研论文、脚本开发者、无 MATLAB 用户与课题组管理员分别给出版本判断、验证证据、回退条件和双轨部署方法。
新课题默认选 SPM 25.01.02；正在投稿、复现历史结果，或深度依赖旧脚本与第三方工具箱的项目，先保留 SPM12。迁移期间不要覆盖原环境，而应隔离安装两套版本，用同一份脱敏数据和代表性批处理做双轨回归。
这篇文章适合三类人：首次搭建 fMRI、PET、EEG 或 MEG 分析环境的研究生；正在用 SPM12 完成论文或复现实验的科研人员；以及负责 Apple Silicon Mac、MATLAB 授权和课题组环境交付的技术人员。
SPM 官方当前将 SPM 25.01.02 标记为稳定发行版，同时仍保留 SPM12 的历史代码与文档。SPM 官方安装说明也建议优先使用最新版本，但这不等于在研项目应当无条件升级。版本选择首先取决于项目是否已经产生需要复现的结果，而不是界面是否能正常打开。可先核对 SPM 25.01.02 官方发行页 与 SPM 官方安装说明。
| 项目状态 | 默认选择 | 迁移策略 | 通过标准 | 评分 |
|---|---|---|---|---|
| 新立项、没有历史结果 | SPM 25.01.02 | 直接建立新版基线 | 版本、图形界面、最小批处理和结果文件均正常 | 5 / 5 |
| 已完成主要分析、准备投稿 | SPM12 | 冻结旧环境，不在关键节点升级 | 原脚本和原始结果可重新生成 | 5 / 5 |
| 需要复现旧论文或公开数据 | 先用 SPM12 | 在副本上测试 SPM 25.01.02 | 预先定义的数值与文件差异标准通过 | 4 / 5 |
| 维护实验室脚本或扩展 | 双轨 | 逐项检查函数、字段、MEX 和工具箱 | 每个差异都有日志和解释 | 4 / 5 |
| 没有 MATLAB 许可证 | 视任务选择 Standalone | 先验证扩展和批处理边界 | Runtime、GUI、批处理和输出均可用 | 3 / 5 |
新建项目到底该从哪一版开始？ 如果项目尚未产生正式结果，且没有必须沿用的课程模板、实验室脚本或第三方扩展，优先使用 SPM 25.01.02。这样建立的环境更容易记录当前稳定版本，也能避免把旧课程中的 SPM12 路径、默认参数和启动文件误认为长期标准。
SPM 的版本号已经采用日历式命名，SPM 25 对应版本系列，具体补丁发布号则写在发行版本中。版本应使用 spm('version') 或 [v, r] = spm('ver') 记录，而不要只在论文中写“使用 SPM”。相关规则见 SPM 官方版本号说明。
SPM12 并不是简单的旧界面。官方 SPM12 说明明确指出，不同版本之间的 SPM.mat 等文件格式并不完全兼容，SPM12 的算法、模板和模型也可能与更早版本存在差异；SPM12 页面还列出了其适配的 MATLAB 范围。对于已经完成预处理、统计建模或主要图表的论文，升级版本会把软件变化和科研结论变化混在一起。可参考 SPM12 官方兼容性说明 与 SPM12 发布说明。
在研论文升级会不会影响结果复现？ 会有这种可能，但不能只凭“新版能打开旧数据”来判断结果是否等价。至少应比较设计矩阵、参数估计、对比图、阈值后的显著区域、输出文件名称和关键日志；如果这些差异没有提前定义解释方式，就不应在投稿或审稿阶段直接切换版本。
建议保留以下只读副本：
SPM.mat、批处理脚本和启动文件；新版本只在复制目录中运行。若代表性被试、一个完整批处理和一个关键二级分析无法通过预先定义的复现标准，就停止迁移，继续使用 SPM12。
SPM12 的批处理脚本能否直接在 SPM 25 运行，不能用“界面启动成功”作为答案。脚本可能调用旧函数名、默认参数、批处理字段、路径变量、第三方工具箱接口或平台专用的 MEX 文件。SPM 官方也说明，MEX 文件属于平台相关二进制文件；在 Apple Silicon 上，MATLAB 对应的扩展名是 mexmaca64，不能把 Intel 构建的二进制直接当作原生 Apple Silicon 文件使用。可核对 SPM MEX 编译说明 与 MathWorks 的 MEX 平台兼容性文档。
双轨回归不需要一开始重跑全部数据，先按以下顺序缩小问题范围：
ver、spm('version')、computer('arch')、MATLAB 路径和工具箱列表。spm_ 函数、matlabbatch 字段、cfg_dep 依赖和自定义路径。.mex*、Java 文件、动态库和第三方工具箱声明。如果实验室脚本只依赖纯 MATLAB 代码，迁移风险可能低于包含 MEX 或外部工具箱的流程，但这只是风险判断，不能替代实际回归。
SPM 25 提供不依赖 MATLAB 许可证的 Standalone 路线。官方文档说明，Standalone 包含匹配版本的 MATLAB Runtime；运行时仍需要安装对应 Runtime，官方示例中该运行环境约占 2.5 GB，首次启动还可能需要解包并写入可写目录。相关边界见 SPM Standalone 官方文档。
没有 MATLAB 许可证能不能使用 SPM 25 Standalone？ 可以，但应先判断任务是否只使用核心 SPM。Standalone 适合执行已经准备好的批处理、运行基础图形界面和完成不依赖额外编译的分析；官方文档同时说明，贡献型工具箱不能直接加入现成 Standalone，需要重新编译。
因此，预算有限的学生不应只比较许可证成本，还要检查：
如果论文流程依赖自定义代码，先用少量脱敏数据验证 Standalone 的完整链路，再决定是否采用。只要扩展无法加载，或批处理输出与 MATLAB 版本不同，就保留有 MATLAB 的 SPM12 或 SPM 25 环境。
Apple Silicon 环境的风险不只来自芯片，还来自 MATLAB 架构、MEX 文件、启动路径和可写目录。MathWorks 当前文档显示，原生 Apple Silicon MATLAB 从 R2023b 开始提供；Intel 版 MATLAB 与 Apple Silicon 版是不同应用，部分旧版本和工具箱需要单独核对。可参考 MathWorks Apple Silicon 支持说明。
在同一台 Apple Silicon Mac 上并行维护两个 SPM 版本时，应怎样避免路径冲突？ 核心不是简单建立两个文件夹，而是把以下资源全部分开：
startup.m 或实验室启动脚本；可以采用类似下面的目录结构：
~/neuro/spm25/
~/neuro/spm12/
~/neuro/projects/project-a-spm25/
~/neuro/projects/project-b-spm12/
~/neuro/toolboxes/spm25/
~/neuro/toolboxes/spm12/
每次启动 MATLAB 后，先执行 restoredefaultpath，再只添加当前项目需要的 SPM 和工具箱路径。不要把两套 SPM 同时写入全局 savepath，否则脚本可能调用到错误版本。
远程 macOS 环境还要额外分开判断两件事：网络交互体验与主机端计算结果。VNC 画面延迟会影响点击和图形界面操作，但不能直接说明 SPM 的计算性能；批处理是否连续运行、结果是否完整生成，应通过日志、文件校验和退出状态判断。需要先搭建环境时，可参考 Apple Silicon Mac 上的 MATLAB 科研环境；如果课题组准备长期自购设备，也可以对照 Mac 购买方案说明。
对于实验室技术支持人员，最稳妥的规则不是强制所有人统一升级，而是按项目生命周期管理：
每个项目至少应有一张环境记录单，包含 SPM 版本、MATLAB 版本、macOS 版本、机器架构、工具箱、脚本提交版本、输入数据校验值和回退位置。若任何关键输出无法解释，停止条件优先于“尽快统一版本”。
最终怎么做选择？
如果当前方案是实验室 Linux 或 Windows 主机，真实缺点通常是：没有原生 macOS 环境、无法直接验证 Apple Silicon 下的 MEX 加载、远程桌面与本地图形行为可能不同，而且多人共用环境容易污染 MATLAB 路径。对于只需要完成一次版本迁移验证、又不希望为临时课题提前采购 Mac 的团队，按周或按月租用 VNCMac 的远程 Apple Silicon Mac，更适合搭建隔离环境、保留 SPM12 与 SPM 25.01.02，并用同一套脱敏任务完成回归。长期满负载计算、连接实验仪器或处理不能离开校内网络的敏感数据，则仍应优先评估自购设备或校内专用主机。